Kasım 1936'da dört ay boyunca Hamburg Lichtwarkschule'de öğrenim gören Margaretha, geçici olarak ileride kendi gibi faşizme direnişe aktif olarak katılan arkadaşları Traute Lafrenz ve Heinz Kucharski ile birlikte 1935 yılına kadar okulda öğretmenlik yapmış olan Erna Stahl ile özel bir okuma grubuna katıldı.

1937'de, Lichtwarkschule'deki kız-erkek ortak eğitim iptal edildikten sonra, Lafrenz ile birlikte manastır okuluna geçti ve 1938'de mezun oldu. Bir yıllık mecburi hizmet ve Reich İşçi Servisi çalışmasını yaptıktan sonra Lafrenz gibi, tıp eğitimi almaya başladı ve Hamburg Üniversitesi'nde Nazi rejimine muhalif öğrencilerle tanıştı.

Eppendorf'taki üniversite hastanesinde de, Nasyonal Sosyalizmi eleştiren, kendilerini bilinçli olarak "insanlık adayları" olarak adlandıran doktor ve öğrencilerle iletişim kurdu. Gençler tartışma gruplarında bir araya gelerek kültürel ve politik konuları tartıştılar. Özgürlüklerin giderek kısıtlanmasına bağlı olarak Margarethe, tartışma gruplarının ötesinde aktifti. Beraber olduğu Heinz Kucharski ile birlikte, yabancı radyo istasyonlarının frekanslarının ve yayın sürelerinin not edildiği listeler hazırladı ve dağıttı. 1941/1942'den itibaren muhalif arkadaş çevresi arttı; Lichtwarkschule'de de öğrenci olan Karl Ludwig Schneider sayesinde kimya öğrencisi Hans Leipelt ve kitapçı Hannelore Willbrandt'ı tanıdı.

1943'ten itibaren Margaretha Rothe etrafındaki muhalif gençler Jungfernhaus'taki Rauhen Haus Kitap Ajansı'nda buluşmaya başladılar. Münih'te benzer faaliyetlerde aktif olan Scholl kardeşler etrafındaki grup, 1942'nin sonunda ağlarını diğer şehirlere genişlettiğinde, onlarla temasa geçen Traute Lafrenz, Hamburg'a Münih Beyaz Gül broşürlerini getirdi. Bunlar basılıp dağıtıldı.

Toplantılar ve etkinlikler Gestapo ajanı olarak aralarına sızan Maurice Sachs tarafından ihbar edildi. Fransa kökenli olan Sachs, Hamburg'daki Beyaz Gül çevresiyle iletişim kurmayı başarmış, Ağustos 1943'te Rauhen Haus kitabevindeki tartışmalara katılmıştı. Beyaz Gül Hamburg teşkilatı üyeleri Fransız direniş gruplarıyla temas kurmak için onu gruplarına dahil etmişlerdi. 9 Kasım 1943'te Gestapo, Heinz Kucharski ile birlikte Margaretha Rothe'yi tutukladı. Beyaz Gül'le ilgili toplam 30'dan fazla kişi Hamburg'da tutuklandı ve Fuhlsbüttel polis hapishanesine alındı. Ekim 1944'te Holstenglacis Hamburg cezaevine transfer edildi. Hamburg'a yapılan hava baskınları nedeniyle Rothe, Kasım 1944'te Cottbus kadın hapishanesinin mahkeme öncesi gözaltı bölümüne getirildi. Şubat 1945'te Reich Cumhuriyet Savcısı, grubun 24 üyesine yüksek ihanete hazırlanma, düşmanı destekleme ve askeri güçleri yok etme suçlamaları getirdi. Margaretha Rothe, Heinz Kucharski, Karl Ludwig Schneider, Gerd Spitzbarth, Bruno Himpkamp ve öğrenci meclis üyesi Erna Stahl ile birlikte ana suçlular arasındaydı. Rothe, Şubat 1945'te çok soğuk bir havada hayvanların taşındığı bir vagonla Leipzig'e taşınması sırasında hastalandı. Leipzig-Meusdorf kadın hapishanesinde kısa bir süre kaldıktan sonra, hapishane revirine ve sonra da St. Jakob Belediye Hastanesine götürüldü. 15 Nisan 1945'te tüberküloz ve zatülcenp nedeniyle öldü.