Aynı zamanda arkadaşları olan Karen Horney ve Erich Fromm ile birlikte, neo-psikanalistler olarak bilinen bir grup terapistin arasında yer aldı. Freud'un bazı temel fikirlerini reddettiler ve onları başka kavramlarla değiştirdiler. Terapisinde geçmiş, günümüzden daha az ve hastalarının kişiler arası ilişkilerinden daha az içselleştirilmiş bir rol oynadı. Terapi kanepesi de artık terapi için gerekli görülmüyordu. 

Hemen hemen tüm psikanalistler gibi, "en başından beri" Thompson da kadın cinselliği ile ilgilendi. Freud'un kaba biyolojisini reddetti ve bunun yerine kültürel antropoloji ve kültürel sosyolojiden elde edilen bulguları kadın gelişimi hakkındaki tartışmaya dahil etti: Bir kişinin kişilik gelişimi için belirleyici olan biyolojik yapı değil, onu çevreleyen kültürdür.

Gençliğinde son derece dindar olan ailesinden etkilendi. Bir gün misyoner ve doktor olarak Hindistan'a gitmek hayaliydi. Ancak tıbbi çalışmaları sırasında dini bağlarından koptu, şiddetli bir kişilik krizine girdi. Tıp eğitimini çok başarılı bir şekilde bitirdi.

Psikanaliz konusunda bir arkadaşından bilgi edindiğinde, psikiyatrist ve psikanalist olmaya karar verdi. Hatta bir eğitim analizi için Sandor Ferenczi'nin yanına Budapeşte'ye bile gitti. 20 Aralık 1958'deki ölümüne kadar, tanınmış bir eğitim analisti, üniversite öğretmeni, etkili eserlerin yazarı, klinik psikoloji uzmanı ve birçok büyük psikanaliz kurumunun yöneticisiydi.