İstanbul Haseki Eğitim ve Araştırma Hastanesi 1843 yılında kadınlara hastane olarak daha sonrada bir dönem için kadınlar hapishanesine dönüştürüldü. Bina bakımsızlık, deprem ve yangın gibi nedenlerden harap oldu sonra yeniden diriltildi.

Hastane binasının yenilenmesinde "Hürrem Şah" yani "Haseki Sultan"da yer edinmiştir. Haseki Sultan, bugün Haseki Hastanesi'nin bulunduğu Kadın pazarı mevkiinde, Mimar Sinan'a cami, medrese, imaret, sıbyan mektebi ve darüşşifa ihtiva eden bir külliye inşaa ettirdi. Haseki Külliyesi'nin şöhreti semtin adını aşınca bölge "Haseki" adıyla anılmaya başlandı.

Haseki Sultan Darüşşifası'nın inşaatı 1550 yılında tamamlandı. Zaman içinde değişen fonksiyonuna uygun olarak isim değiştirdi 1551 tarihli vakfiyesinde; darüşşifanın genel bir tedavi kurumu olduğu açıkça belirtildi.

Darüşşifa, 1843 yılında, kadınlara tahsis edildi. Bu tarihten sonra; kimsesiz, bakıma muhtaç, evsiz barksız hasta ve çaresiz kadınları tedavi eden bir kadın hastanesi oldu. Burası 1869'da Zaptiye Müşirliği'nin yönetimine geçti ve "Nisa Tevkifhanesi" adını aldı. Artık halk arasında "Haseki Zindanı" adıyla tanınıyordu Bir ara tevkifhanenin iki koğuşu boşaltılıp 30 yataklı bir hastane haline getirildi ve hasta tutuklu kadınlara ayrıldı. Hem hastane hem tutukevi olarak kullanılan yer için resmi yazışmalarda, “Haseki Tevfikhanesi’nde bulunan Nisa Hastanesi" adı kullanılıyordu. Zaptiye Müşirliği'ne bağlı olduğu yıllarda, yatan hastalar, zaptiye hekimleri tarafından tedavi ediliyor, zaman zaman da dışarıdan başvuran kadın hastalara poliklinik hizmeti veriliyordu. Bir odası muhtaç kadınlar için , diğer odası ise kadın tutukevi olarak kullanılıyordu.

Tarihi darüşşifa binası, "Haseki Meccanın Müşahedehanesi" adıyla akıl hastalarının gözlem ve tecriti için kullanılmaya başlandı. 1918' de çıkan bir yangın tarihi darüşşifa binasını yeniden harabeye çevirdi. Ama bina 1948 yılında yeniden faliyete geçirildi. Cumhuriyetin ilk yıllarında hastanenin adı "Türkiye Cumhuriyeti İstanbul Şehremaneti Haseki Nisa Hastanesi" 1930' larda ise "Haseki Kadınlar Hastanesi" idi.

1933 yılında Haydarpaşa'da bulunan Tıp Fakültesi İstanbul yakasına nakledilince; fakültenin kadın doğum, tedavi ve farmakoloji ile hariciye klinikleri Haseki Hastanesi'ne yerleştirildi. Bu sırada müstahdem lojmanı yıkılarak yerine 200 kişilik bir anfi yapıldı. Üst katına bir kat eklenerek 1935'te 35 yataklı bir septik doğum servisi açıldı. Kadın-Doğum kliniğinin 1967'de Cerrahpaşa'ya taşınmasıyla hastane bir doğum hastanesi görünümünü aldı. 1994 yılında imzalanan protokolle Sağlık Bakanlığı’na devredilen Haseki Hastanesi eğitim hastanesine dönüştürüldü. 1998 yılında Haseki Eğitim ve Araştırma Hastanesi adını alarak faaliyetlerini sürdürdü.